Antigament colònia britànica, Seychelles es va independitzar el 29 de juny de 1976. La bandera aixecada aleshores tenia triangles alternats de blau i vermell, separats per una creu en diagonal blanca. Potser no casualment, aquesta bandera era gairebé exactament la mateixa que la que va utilitzar la Companyia de Navegació a Vapor Australiana d'Amèrica Australiana, els vaixells dels quals visitaven regularment les illes a principis del segle XX. La bandera no va durar gaire: es va produir una revolució el 5 de juny de 1977, sota el lideratge del Partit Popular de les Persones Unides de Seychelles (SPUP). La nova bandera tenia unes franges horitzontals de color vermell-vermell separades per una banda blanca ondulada, que era la mateixa que la bandera SPUP, tret de l’omissió d’un sol groc al centre.
El 1993, la pressió de les potències estrangeres va conduir a la democratització del govern. El partit governant va perdre el monopoli a les eleccions i la participació d’altres partits al govern va provocar una demanda d’una bandera nacional menys partidista. El Parlament va aprovar un disseny que incorporava els colors de diverses parts en una bandera que va ser hissada el 18 de juny de 1996. Els colors de la bandera són blaus (per al cel i el mar), groc (per al sol vital), vermell (per al les persones i la seva feina per la unitat i l’amor), de color blanc (per a la justícia social i l’harmonia), i verd (per a la terra i el medi natural).
