Roderick MacKinnon (nascut el 19 de febrer de 1956 a Burlington, Massachusetts, EUA), metge nord-americà, corecipient del premi Nobel de química el 2003 per la seva recerca pionera sobre els canals iònics en les membranes cel·lulars. Va compartir el premi amb Peter Agre, també dels Estats Units.
MacKinnon va obtenir un títol de MD a l'Escola de Medicina de la Universitat de Tufts el 1982. Després de practicar la medicina durant diversos anys, va recórrer a investigacions bàsiques, començant el 1986 amb treballs postdoctorals en canals iònics a la Universitat Brandeis. El 1989 es va incorporar a la Universitat de Harvard i el 1996 es va traslladar a la Universitat Rockefeller com a professor i cap de laboratori. Un any després va ser nomenat investigador de l’Institut Mèdic Howard Hughes de Rockefeller.
D’especial importància per al sistema nerviós i el cor, els canals iònics són obertures especialitzades a les membranes cel·lulars que permeten que els ions, com el potassi i el sodi, puguin fluir fàcilment dins i fora de les cèl·lules; estructures similars també existeixen per al pas de l’aigua. El treball innovador de MacKinnon es va centrar en els "filtres" dels canals que passaven un tipus d'ions mentre es bloquejaven d'altres. Per entendre com funcionen aquests filtres, va obtenir imatges més nítides dels canals mitjançant la difracció de raigs X. El 1998 va determinar l'estructura molecular tridimensional d'un canal iònic. El canal, descobert per MacKinnon, té una arquitectura de manera que separa fàcilment els ions de potassi (però no els ions de sodi) de les seves molècules d'aigua associades i els permet passar. També va trobar un "sensor" molecular al final del canal més proper a l'interior de la cèl·lula que reacciona a les condicions del cel, enviant senyals que obren i tanquen el canal en els moments adequats. El seu treball pioner va permetre als científics perseguir el desenvolupament de fàrmacs per a malalties en les quals els canals iònics tenen un paper important.
