Església ortodoxa copta d’Alexandria, també anomenada Església ortodoxa copta, església ortodoxa oriental i església cristiana principal a l’Egipte majoritàriament musulmà. La gent d'Egipte abans de la conquesta àrab al segle VII es va identificar a si mateixa i la seva llengua en grec com aigyptios (àrab qibṭ, occidentalitzat com a copte). Quan els musulmans egipcis van deixar de titllar-se d'Aigyptioi, el terme es va convertir en el nom distintiu de la minoria cristiana. Als segles XIX i XX van començar a anomenar-se ortodoxos coptes per distingir-se tant dels coptes que s’havien convertit al catolicisme romà (vegeu també Església catòlica copta) com dels ortodoxos orientals, que són majoritàriament grecs (vegeu també Patriarcat ortodox grec de Alexandria).
Als segles IV i V va sorgir un conflicte teològic entre els coptes i els romans de parla grega, o melquites, a Egipte. El Consell de Calcedònia (451) va rebutjar la doctrina monofísica —creent que Jesucrist només tenia una naturalesa divina, no pas humana— i va afirmar tant la seva divinitat com la seva humanitat. Els melquites van reconèixer el resultat de Calcedònia. L'església copta, però, es va convertir en una de les diverses esglésies orientals que van rebutjar el llenguatge cristològic sobre les dues naturaleses de Crist acordades a Calcedònia. Tot i que, mentre les esglésies ortodoxes romanes i catòliques orientals van denunciar aquestes esglésies orientals com a herètiques monofisites, l'església copta i altres esglésies pre-calcedonianes (o des del segle XX) ortodoxes orientals van adoptar una posició teològica anomenada miafisitisme. Confessant la declaració de sant Ciril d’Alexandria (c. 375-444) proclamant la “naturalesa encarnada de la paraula” de Déu, els nefisites van declarar que tant la humanitat i la divinitat de Crist estaven igualment presents mitjançant l’encarnació en una sola naturalesa (d’aquí la El prefix grec mia, "igual") que la paraula feta carn. En lloc de negar la humanitat de Crist, tal com eren acusats de fer-ho, les esglésies coptes i altres miafísites van donar a la seva humanitat i a la seva divinitat una presència igual en la persona de Crist.
Després de la conquesta àrab d'Egipte al segle VII, els coptes van deixar de parlar grec i la barrera de la llengua va afegir-se a la controvèrsia. Alguns intents de compromís dels emperadors bizantins no van arribar a fer-ho. Més tard, els califes àrabs, tot i que tendien a afavorir els que adoptaren l'Islam, no interferien gaire en els afers interns de l'església. El jizya, l'impost que cobra als no musulmans que vivien en un estat islàmic, es va abolir al segle XVIII.
L’àrab s’utilitza ara als serveis de l’Església ortodoxa copta per a les lliçons de la Bíblia i per a molts dels himnes variables; només alguns breus refrenes que tots els ciutadans entenen no estan en àrab. Els llibres de serveis, mitjançant les litúrgies atribuïdes a sant Marc, sant Ciril d’Alexandria i sant Gregori de Nazianzus, estan escrits en copta (el dialecte bohair d’Alexandria), amb el text àrab en columnes paral·leles.
L'església ortodoxa copta va desenvolupar un sistema de govern democràtic després de la dècada de 1890. El patriarca i els dotze bisbes diocesans, amb l’ajuda de consells comunitaris en què els laics estan ben representats, regulen les finances de les esglésies i escoles i l’administració de les regles relatives al matrimoni, l’herència i altres qüestions d’estat personal. Quan el patriarca mor, un col·legi electoral, predominantment de laics, selecciona tres monjos degudament qualificats com a mínim de 50 anys d’edat com a candidats a l’ofici de patriarca. Entre aquests tres, l’elecció final es fa per sorteig després de l’oració.
El bisbe amb més rang és el patriarca d’Alexandria, que resideix al Caire; és cridat el papa i reclama autoritat apostòlica per al seu càrrec de Sant Marc. L'església té les seves pròpies escoles primàries i secundàries a molts llocs d'Egipte, així com un fort moviment de diumenges per a l'educació religiosa dels nens que no poden anar a les escoles coptes. Hi ha un Institut d’Estudis Coptes al Caire, una universitat teològica relacionada amb l’institut i un museu copte; l’ensenyament de l’Església ortodoxa copta s’ha convertit fins i tot en la base del programa que s’utilitza en la instrucció religiosa dels nens cristians a les escoles del govern.
Hi ha esglésies ortodoxes coptes a Jerusalem i en altres zones de la Terra Santa, construïdes als segles XIX i XX, així com un bisbat copta a Jartum, Sudan. L’església també té una petita presència a Amèrica del Nord, Austràlia i el Regne Unit. Les esglésies ortodoxes etíope, armènia i siríaca són totes les esglésies ortodoxes orientals en comunió amb l'església ortodoxa copta. Les esglésies ortodoxes orientals van ser considerades herètiques durant segles per les esglésies ortodoxes romanes i catòliques. Tanmateix, des de finals del segle XX, l'Església ortodoxa copta, igual que altres esglésies ortodoxes orientals, ha entrat en diàleg amb les dues, resolent moltes disputes teològiques i aconseguint que el reconeixement estigués doctrinalment en el corrent principal del cristianisme ortodox.
