L’1 de juliol de 1823, Amèrica Central va proclamar la seva independència després de dos anys sota el domini mexicà i va formar les Províncies Unides d’Amèrica Central. El 1838 Hondures es va separar de les Províncies Unides, tot i que va continuar utilitzant la bandera de la federació, que datava del 1823. Les guerres civils i les invasions de l'estranger van plagiar Hondures entre 1840 i 1862. Als anys de pau següents, es va centrar l'atenció en un estat nacional adequat. símbols. El 16 de febrer de 1866 es va decidir que es conservaria la bandera blau-blanc-blau de Centreamèrica, però amb un nou símbol central distintiu. El disseny escollit consistia en cinc estrelles blaves, simbòliques dels cinc membres de l’antiga federació centreamericana (Hondures, El Salvador, Nicaragua, Costa Rica i Guatemala). A aquest disseny s’havia d’afegir l’escut nacional quan la bandera estava volada per un buc de guerra naval.
La bandera hondureña es va adoptar menys d’un any després que els Estats Units conservessin la seva unió nacional en una guerra civil. En la mateixa època, El Salvador va adoptar una bandera estampada després de les estrelles i les ratlles, amb els colors vermell i blau invertits. És possible que les estrelles adoptades per Hondures, juntament amb les seves tres ratlles, constituïssin una referència subtil a la bandera dels Estats Units (en què cada estrella significa un estat unit), particularment a la llum del suport continuat que va proposar un centreamericà proposat. una federació que es troba entre els intel·lectuals i polítics hondurenys, almenys en les seves declaracions públiques. A finals del segle XIX i principis del XX es van realitzar diversos intents avortadors de reunificar els cinc països, sota una bandera horitzontal blau-blanc-blau. (Consulteu també les històries de bandera d'El Salvador, Guatemala, Costa Rica i Nicaragua.)
