Tot i que hi va haver moviments secessionistes a Panamà quan va formar part de Colòmbia durant el segle XIX, no hi va haver cap bandera de Panamà reconeguda. El 1903, quan el senat de Colòmbia va rebutjar el tractat proposat amb els Estats Units que hauria previst la construcció d’un canal de Panamà, els nord-americans van ajudar el moviment independentista de Panamà i es va formar la República de Panamà.
Inicialment es va proposar un disseny de bandera que utilitzés els colors de la bandera colombiana. Consistia en ratlles horitzontals iguals de vermell i groc, amb un cantó blau que portava dos sols grocs enllaçats, que simbolitzaven la vinculació de les dues meitats del planeta pel futur canal de Panamà. El disseny de la bandera que finalment va ser escollit es va fer oficial el 4 de juliol de 1904; es dividia trimestralment amb dues estrelles. El simbolisme atribuït era l’alternança dels dos grans partits polítics al govern (originalment, el vermell era per als liberals, el blau per als conservadors i el blanc per a la pau entre ells), tot i que els colors i les estrelles deixaren clara la influència de la bandera de. els Estats Units. La bandera de Panamà va ser dissenyada per Manuel E. Amador, fill del primer president de la nova república.
