Anys posteriors
Com a il·legalitat declarada heretge i públic, Luther es va veure obligat a mantenir-se al marge de la lluita política i religiosa per l'aplicació de l'Edicte de Worms. Els governants i ajuntaments simpàtics es van convertir en els protagonistes de la causa de Luther i la causa de la reforma. Quan Carles V va convocar una dieta per reunir-se a Augsburg el 1530 per tractar qüestions religioses no resoltes, Luther mateix no va poder estar present, tot i que va aconseguir viatjar fins al sud de Coburg, encara a unes 100 milles al nord d'Augsburg, per seguir els desenvolupaments de la dieta.. A Augsburg, va recaure en el jove col·lega de Luther de Wittenberg, Philipp Melanchthon, per representar als protestants. El resum de Melanchthon sobre les creences dels reformistes, la confessió d’Augsburg, es va convertir ràpidament en el document teològic guia de la emergent tradició luterana.
El paper de Luther en la Reforma després de 1525 va ser el de teòleg, assessor i facilitador, però no pas un home d’acció. En conseqüència, les biografies de Luther tenen una tendència a acabar la seva història amb el seu matrimoni el 1525. Aquests relats omiten gal·lentament els darrers 20 anys de la seva vida, durant els quals va passar molt. El problema no és només que la causa de les noves esglésies protestants que Luther havia ajudat a establir fos essencialment perseguida sense la seva participació directa, sinó també que el Luter d’aquests anys posteriors sembla menys atractiu, menys vencedor, menys atractiu que el Lutero anterior que es va enfrontar desafiant a l'emperador i l'imperi a Worms. Lliterament repetidament en ferotges controvèrsies durant la darrera dècada de la seva vida, Luther es presenta com una figura diferent: irascible, dogmàtica i insegura. El seu to es va fer estrident i estret, ja sigui en comentaris sobre els anabaptistes, el papa o els jueus. En cada cas, les seves declaracions eren virulentes: els Anabaptistes haurien de ser penjats com sedicionistes, el papa era l'Anticrist, els jueus haurien de ser expulsats i les seves sinagogues cremades. Aquestes paraules eren prou irèniques d’un ministre de l’evangeli i cap de les explicacions que s’hi han ofert —la seva deterioració de salut i el seu dolor crònic, la seva expectativa del final imminent del món, la seva profunda decepció pel fracàs d’una veritable reforma religiosa—. semblen satisfactòries.
El 1539 Luther es va veure embolicat en un escàndol al voltant de la bigamia de Felip, gravat de Hesse. Igual que molts altres caps coronats, Felip vivia en un matrimoni dinasticament disposat amb una dona per la qual no tenia cap afecte. Tanmateix, es va implicar en relacions extramatrimonials que va pertorbar la seva consciència, de manera que durant anys es va sentir indigne a rebre comunió. Els seus ulls van caure sobre una de les dones que esperaven de la seva dona, que insistia en el matrimoni. Felip es va dirigir a Luther i als teòlegs de Wittenberg per obtenir consell. En la seva resposta, que va ampliar amb referències bíbliques, Luther va assenyalar que els patriarques de l'Antic Testament s'havien casat amb més d'una esposa i que, com a dispensació especial, la poligàmia encara era possible. Per tant, Felip va entrar en un segon matrimoni en secret, però molt de temps es va fer conegut, com va fer el paper de Luther en la seva realització.
A partir de mitjans dels anys 1530, Luther va quedar afectat per càlculs renals i una evident condició coronària. Una mica feixudament, va atribuir la seva mala salut a la gravetat de la seva vida al monestir. Tot i així, va continuar la seva docència acadèmica —del 1535 al 1545 va impartir conferències sobre el llibre del Gènesi, una de les seves exposicions bíbliques més perspicaces— i va predicar regularment a l'església de la ciutat fins que el seu col·lega Johannes Bugenhagen assumí aquesta responsabilitat. Fins i tot llavors, Luter continuà predicant al monestir agustinià. Després de la mort d’un dels seus amics més vells, Nikolaus Hausmann, el 1538 i la de la seva filla Magdalena quatre anys després, les referències a la mort eren cada cop més abundants en la correspondència de Lutero. Així va escriure en una carta de juny de 1543 a un amic:
Desitjo que em doni una bona hora per poder seguir endavant amb Déu. N'he tingut suficient. Estic cansat. M’he convertit en res. Preguem de debò per mi perquè el Senyor agafi la meva ànima en pau.
Al febrer de 1546, Luther va viatjar, malgrat la seva salut sanitària, a Eisleben, la ciutat on va néixer. Va començar a mediar una vergonya disputa entre dos nobles joves i arrogants, els comtes Albrecht i Gebhard de Mansfeld. Va tenir èxit, i així va informar a la seva dona del que va resultar ser la seva última carta. Un dia després, el 18 de febrer, va arribar la mort. El seu cos va ser enterrat a l'església del castell de Wittenberg.
