Classificació per "personatges naturals"
Linneo no considerava que el sistema sexual era la seva principal contribució a la "reforma de la botànica" a la qual aspirava. La seva principal contribució es va donar a la forma d'un fulletó, Fundamenta Botanica (1736; "Les bases de la botànica"), que emmarcava els principis i regles a seguir en la classificació i el nomenament de plantes.
El 1735 Linnaeus va conèixer Boerhaave, que va introduir Linnaeus a George Clifford, un comerciant i banquer anglès local que tenia estretes connexions amb la Companyia Holandesa de les Índies Orientals. Impressionat pel coneixement de Linnaeus, Clifford va oferir a Linnaeus un lloc com a conservador del seu jardí botànic. Linnaeus va acceptar la posició i va aprofitar aquesta oportunitat per ampliar determinats capítols de Fundamenta Botanica en publicacions separades: Bibliotheca Botanica (1736; “La Biblioteca de Botànica”); Critica Botanica (1737; “Una crítica de la botànica”), en la nomenclatura botànica; i Classes Plantarum (1738; “Classes de Plantes”). Va aplicar el marc teòric previst en aquests llibres en dues publicacions posteriors: Hortus Cliffortianus (1737), un catàleg de les espècies de la col·lecció de Clifford; i Genera Plantarum (1737; “Genera de Plantes”), que van modificar i actualitzar les definicions dels gèneres de plantes oferts per Tournefort per primera vegada.
Generana Plantarum va ser considerada per Linneo com el seu coronament assoliment taxonòmic. A diferència dels intents d’altres botànics de definició genèrica, procedits per un conjunt de divisions arbitràries, Genera Plantarum va presentar un sistema basat en el que Linneo va anomenar els “caràcters naturals” dels gèneres: descripcions morfològiques de totes les parts de la flor i el fruit. A diferència dels sistemes basats en divisions arbitràries (incloent el seu propi sistema sexual), un sistema basat en caràcters naturals podria acollir el nombre creixent de noves espècies, que sovint posseeixen diferents característiques morfològiques, abocant-se a Europa dels seus llocs de comerç i colònies d'ultramar.
La distinció de Linnaeus entre les classificacions artificials i naturals dels organismes, però, va plantejar la qüestió del mecanisme que permetia als organismes caure en jerarquies naturals. Només va poder respondre aquesta pregunta pel que fa a espècies: segons Linnaeus, les formes eren similars perquè derivaven de la mateixa parella parental creada per Déu al començament del món. Molts dels seus contemporanis compartien un concepte d'espècie similar. Un personatge tan rellevant va ser el naturalista francès Georges-Louis Leclerc de Buffon, que es dedicava a un projecte d’història natural que abastava una història similar en aquell moment, tot i que Buffon dubtava de l’existència de gèneres, ordres o classes naturals. Linneo va intentar explicar l’existència d’aquestes divisions en el context de la hibridació; tanmateix, la qüestió de les jerarquies naturals no rebria una resposta satisfactòria fins que el naturalista anglès Charles Darwin va explicar la similitud per descendència comuna al seu Origen de les espècies (1859).
