El símbol tradicional principal de Burundi era un antic tambor, Karyenda, que tenia un estat de semidivina. El mwami ("governant") sol podia interpretar els missatges de Karyenda i transformar-los en regles que governen la societat. Karyenda va ser així escollida com a símbol de la bandera nacional quan Burundi va sorgir del domini colonial belga. També es va mostrar una planta de sorgo, que representa un principal producte agrícola de Burundi. El tambor i la planta van aparèixer al disc blanc central de la bandera autoritzada pel mwami el 30 de març de 1962 i es van hissar l'1 de juliol quan es va assolir la independència.
El fons de la bandera va incorporar una saltera blanca, una idea de disseny que es va poder agafar en préstec a Bèlgica (els Països Baixos espanyols), la creu de Borgonya va ser un motiu de bandera comú des del segle XVII. El color blanc de la sal i el disc central simbolitzava la pau. Les zones restants eren vermelles, per la lluita per la independència i el patiment de la nació, i verdes, per esperances sobre el futur desenvolupament. Després que la monarquia fos enderrocada el novembre de 1966, Karyenda va ser retirada de la bandera. Un nou disseny, confirmat recentment pel decret del 27 de setembre de 1982, es va fer oficial el 28 de juny de 1967. Les tres estrelles de sis puntes de vermell amb fronteres verdes corresponen al lema nacional, “Unitat, treball, progrés”. Per a molts, però, recorden, sens dubte, els tres grups ètnics principals de Burundi, els tutsi, els hutus i els twa, i la lleialtat que els burundians van comprometre al seu déu, rei i país.