La independència per Amèrica Central es va proclamar per primera vegada el 15 de setembre de 1821, però Mèxic després va sotmetre la zona durant dos anys. La bandera de les províncies unides d'Amèrica Central recentment independents es va adoptar el 21 d'agost de 1823 i constava de ratlles blau-blanc-blau amb l'escut nacional al centre. Aquests braços incloïen bàsicament els mateixos elements de disseny que utilitza actualment Nicaragua. Fins i tot després que els cinc estats membres de la federació es convertissin en països independents, Nicaragua va continuar alçant la vella bandera. Finalment, el 1854, es va triar un nou tricolor horitzontal nicaragüenc de color groc-blanc-escarlata, però no va volar gaire temps. La guerra civil i la intervenció de filibusters nord-americans (aventurers militars) van donar lloc a una sèrie de banderes introduïdes i ràpidament substituïdes.
El 1908 es va readoptar l’antiga bandera de la federació com a bandera nacional de Nicaragua, amb modificacions apropiades a l’escut d’armes. Aquell disseny bàsic, amb més canvis en l’escut, es va refermar per la llei del 27 d’agost de 1971, tot i que el bicolor horitzontal vermell-negre del moviment sandinista va ser de facto una bandera nacional secundària durant els anys del govern sandinista (1979 –90). L'escut de la bandera inclou un triangle per a la igualtat, un casquet de llibertat i cinc volcans entre dos oceans, simbòlic dels cinc països originaris d'Amèrica Central entre les conques oceàniques de l'Atlàntic i del Pacífic.
