Com a arquebisbe
Durant gairebé un any després de la mort de Theobald, la seu de Canterbury estava vacant. Thomas era conscient de la intenció del rei i intentà dissuadir-lo advertint-lo del que passaria. Enric va persistir i va ser elegit Thomas. Un cop consagrat, Thomas va canviar tant la seva perspectiva com la seva forma de viure. Es va convertir en devot i auster i va adoptar el programa integral del papat i la seva llei canònica. Aquest canvi espectacular ha desconcertat als historiadors i s'han intentat diverses explicacions: que Thomas es veiés embriagat per la seva ambició de dominar o que es va llançar, com abans, en una part que havia acceptat interpretar. És més senzill suposar que finalment va acceptar les obligacions espirituals que havia ignorat com a canceller i va convertir en un nou canal la seva energia barrejada, força de caràcter, impetuositat i ostentació. Molt disgustat per Enric, va renunciar immediatament a la cancelleria, però va aferrar-se a l’archidiòcria fins que va obligar el rei a dimitir.
Henry havia estat a Normandia des de l’agost de 1158 i, al seu retorn el gener del 1163, Thomas va començar la lluita oposant-se a una proposta d’impostos i excomunicant un baró líder. Més greu va ser la seva actitud en matèria de “gremialistes criminals”. A Europa occidental, els clergues acusats durant molt de temps havien gaudit del privilegi de presentar judici davant el bisbe en lloc de tribunals seculars i normalment rebien càstigs més lleus del que els tribunals laïcs valoraran. A Anglaterra, abans de la Conquesta normanda, aquest encara era el costum. Si es trobava culpable en un tribunal eclesiàstic, els clergues podrien ser degradats o exiliats, però no podien morir ni mutilar. Durant 60 anys després de la Conquesta normanda, poc se sap del crim clerical o del seu càstig, mentre que els reformistes gregorians continents tenien tendència a emfatitzar l'únic dret de l'església a intentar castigar els clergues en ordres importants. La posició de Thomas, que un secretari culpable podia ser degradat i castigat pel bisbe, però no hauria de ser castigat de nou per l'autoritat laica, "no dues vegades per la mateixa culpa", es podia argumentar i, finalment, preval. La afirmació de Henry que la delinqüència clerical era contundent i que es va fomentar per l'absència de penes dràstiques es complau als lectors moderns com a just. Però cal recordar que els motius del rei eren autoritaris i administratius més que il·luminats. No obstant això, es pot pensar que Thomas va ser mal aconsellat per la seva posició rígida sobre aquest punt.
La qüestió es va unir a un consell de Westminster (octubre de 1163), però la crisi va arribar a Clarendon (Wiltshire, gener de 1164), quan el rei va exigir un consentiment global a tots els drets reials tradicionals, reduïts a escriure sota 16 caps i coneguts com el Constitucions de Clarendon. Aquests van afirmar el dret del rei a castigar els clergues criminals, van prohibir l'excomunicació dels funcionaris reials i les crides a Roma i van donar al rei els ingressos de les places vacants i el poder d'influir en les eleccions episcopals. Enric es va justificar en dir que aquests drets havien estat exercits per Enric I, però Thomas també es va justificar en mantenir que contravenien la llei de l'església. Thomas, després d’acceptar verbalment les Constitucions de Clarendon, va revocar el seu consentiment i va fer una crida al papa, després a França, que el va recolzar mentre desaprofitava l’acció precipitada.
Queda amb Henry
Les bones relacions entre Thomas i Henry estaven al final; l'arquebisbe va ser convocat a judici pel rei per un punt d'obligació feudal. Al Concili de Northampton (del 6 al 13 d'octubre del 1164), va quedar clar que Henry tenia la intenció de arruïnar i empresonar o forçar la dimissió de l'arquebisbe. En això va ser animat per alguns dels bisbes, entre ells Gilbert Foliot, bisbe de Londres. Thomas va fugir disfressat i es va refugiar amb Lluís VII de França. El papa Alexandre III el va rebre amb honor, però va vacil·lar per actuar decisivament a favor seu, per por de poder llençar a Enric a les armes del Sant emperador Romà Frederic I i del seu antipop, Pascual III.
L’exili de Thomas va durar sis anys (2 de novembre de 1164 - 2 de desembre de 1170). A ell se li van incorporar moltes de les seves distingides cases i va viure ascèticament, primer a l’abadia de Pontigny i després, quan Henry va amenaçar els monjos, en una abadia propera a Sens, mentre Henry havia acaparat les propietats de l’arquebisbe i els seus partidaris i s’havia exiliat a tots els veïns de Thomas. parents. En els anys següents es van fer diversos intents avortadors de reconciliació, però els nous actes d’hostilitat del rei i les declaracions d’excomunicació llançades per Thomas davant els seus opositors van embrutar les lluites.
Els bisbes estaven dividits, però la majoria, dirigits per Foliot, eren hostils a Thomas o dubtaven en donar-li suport. Els legats papals van esforçar-se més que una vegada a la mediació, i el rei i l’arquebisbe es van unir a Montmirail el 1169, només per part de la ira. Thomas va desconfiar del rei i, al seu torn, va ser odiat per ell. En el mateix any, Henry va presentar incorporacions a les Constitucions de Clarendon, retirant pràcticament Anglaterra de l'obediència papal. Finalment, el 1170, va tenir el seu fill gran coronat com a rei per l’arquebisbe de York, l’antic rival de Becket.
Això va suposar un incompliment flagrant de la prohibició papal i del dret immemorial de Canterbury a coronar el rei. Thomas, seguit del papa, va excomunicar tots els responsables. Henry, tement un interdict per Anglaterra, es va trobar amb Thomas a Freteval (22 de juliol) i es va acordar que Thomas tornés a Canterbury i rebés de nou totes les possessions del seu lloc. Cap dels dos partits es va retirar de la seva posició respecte a les Constitucions de Clarendon, que en aquesta ocasió no es van esmentar. Aquest concordat “obert” ha estat un fet inexplicable. Thomas va tornar a Canterbury (2 de desembre) i va ser rebut amb entusiasme, però van continuar amb excomunicacions dels hostils servidors reials, la negativa a aixecar l'excomunió de Roger de York i Foliot, i la seva acceptació de l'aclamació tumultuosa per part de les multituds enfuriats a Henry a Normandia.
