La bandera va ser adoptada pel Consell Territorial el 1967. Les seves franges verticals desiguals es coneixen com a "palades canadenques" perquè corresponen a les de la bandera nacional canadenca. (En heràldica, un pàl·lid és una franja vertical central en un escut, normalment cobreix un terç o menys de la zona.) La franja verda de la bandera del Iukon és per als boscos del territori, mentre que el blau és per als rius i llacs; el blanc és per a la neu de l’Àrtic. L’emblema central és l’escut oficial del Iukon, que fou concedit al territori el 24 de febrer de 1956, per ordre reial. Aquest escut va ser dissenyat pel comandant Alan B. Beddoe, mentre que la bandera era el concepte del senyor Lynn Lambert, estudiant de Haines Junction.
La cresta de l'escut presenta un gos Malamute, molt utilitzat en l'obertura del territori iukon ric en minerals a l'habitatge europeu. La franja vertical ondulada de l'escut és el riu Yukon, els triangles vermells suggereixen muntanyes i els discos d'or es refereixen a or i altres minerals. La creu de Sant Jordi (d'Anglaterra), més el símbol heràldic per a la pell i la flor territorial (el foc de foc), completen el disseny de l'escut d'armes.
