El Concili de Trento.
El maig de 1536, el papa Pau va publicar una convocatòria per a la celebració del seu consell a Mantua. També va autoritzar un grup selecte de cardenals per elaborar un informe sobre els abusos a l'església. Guiat pel cardenal Gasparo Contarini, aquest grup va denunciar l’ordenació de sacerdots mal preparats, la selecció de bisbes incompetents, l’acumulació de beneficis i la decadència dels ordres religiosos, la predicació i la cura de les ànimes. L’informe, però, va caure en mans protestants i va ser utilitzat per Luther en un atac violent a l’Església romana i el papat. No obstant això, el Papa va continuar els seus plans per celebrar el concili, previst per obrir el 23 de maig de 1537, a Màntua. Amb una paciència infinita, Pau va intentar superar l’oposició de l’emperador, dels reis, dels prelats i dels prínceps, prorrogant i ajornant l’obertura del concili una i altra vegada al llarg de nou anys, però finalment va aconseguir que la inaugurés el seu legat, el cardenal Giovanni del Monte, a Trento el 13 de desembre de 1545.
En referència a la clamació dels protestants, l'emperador va insistir que el consell es va limitar principalment a tractar la disciplina i la reforma. No obstant això, va prevaler la decisió del Papa que es donés prioritat a les qüestions doctrinals i, en les primeres sessions, el Concili de Trento va imposar decrets sobre el cànon de les Escriptures, el pecat original, la justificació i els sagraments, així com sobre la reforma. Les pors de la pesta i la amenaça d’un atac de les forces protestants armades van induir el Papa a acceptar el trasllat del consell a Bolonya el febrer de 1548. Però l’emperador va prohibir als prelats espanyols i alemanys anar a Bolonya i el papa va haver de suspendre el Consell. el 17 de setembre de 1549. Tot i això, aquesta primera fase del concili de Trento havia aconseguit un important pas endavant, donant lloc a una reforma exhaustiva de l'ensenyament i la disciplina de l'Església.
Al llarg del seu pontificat, el papa Pau va visitar sovint llocs problemàtics als Estats Papals i més enllà. Va estar a Civitavecchia el 1535 i el 1537; va visitar Lucca i Piacenza camí de Niça el 1538; va aparèixer a Perugia per pacificar la ciutat després que les seves forces trenquessin el poder de la família Colonna el 1540; i el 1543 va visitar Bolonya camí de Busseto per trobar-se amb l'emperador.
