Comayagua, ciutat, oest i centre-Hondures, a la riba dreta del riu Humuya, en una fèrtil vall.
Fundada el 1537 com a Valladolid de Santa María de Comayagua, la ciutat va servir com a capital colonial espanyola de la província d'Hondures. Una variació del seu nom, Comayaguela, s'utilitza per al districte governamental de Tegucigalpa. Va patir danys en els trastorns polítics del segle XIX d'Hondures i en rivalitat amb Tegucigalpa per la posició de capital nacional, però només el 1880 la capital va ser finalment transferida a Tegucigalpa. La ciutat també va patir danys per diversos terratrèmols i incendis repetits.
Els edificis colonials inclouen una notable catedral barroca espanyola (1715), quatre esglésies del segle XVI i una antiga universitat —la primera a Amèrica Central, fundada el 1632. Comayagua fabrica productes farmacèutics, sabates, resines, productes de ciment i ceràmica; és el centre comercial de l'oest d'Hondures. El centre agrícola nacional està situat a la ciutat. Bona part del centre, incloent-hi la catedral i el parc central, ha estat renovat per restaurar l'ambient colonial i l'encant de la ciutat.
La carretera inter-oceànica passa per la ciutat. Comayagua també compta amb un camp aeri, que a principis dels anys 1980 va ser actualitzat a una base aèria militar. Just a fora de Comayagua es troba Palmerola, la principal base militar dels Estats Units a Hondures, que es comparteix amb la força aèria hondureña. Pop. (2001) 55.368; (2013) 92.883.
