Bòsnia, amb la seva població ètnica mixta, no va desenvolupar mai símbols nacionals distintius. Sota la Iugoslàvia dirigida pels comunistes de 1946 a 1991–92, per exemple, la República Socialista de Bòsnia i Hercegovina simplement va utilitzar una pancarta vermella amb una versió petita de la bandera nacional iugoslava al cantó. En el moment en què es va proclamar la independència el 3 de març de 1992, no existia cap bandera que fos acceptable per als bosnians, serbis i croats del país. El govern amb domini bosnià va adoptar, per tant, el que esperava que fos un símbol neutre del llunyà passat. Va escollir l'escut d'armes del rei Stjepan Tomaš (regnat el 1443–61), que va atribuir al màxim governant bosnià medieval, Tvrtko I (1377-1991). Aquell escut blau amb una franja blanca en diagonal que separa sis fleurs d'or de lis es va col·locar al centre d'una bandera blanca. La presentació artística, adoptada oficialment el 4 de maig de 1992, va ser creada per Zvonimir Bebek.
Aquesta bandera va ser rebutjada per molts croats i serbis ja que la nació va entrar a la guerra civil. Els acords de pau signats a Dayton, Ohio, EUA, a finals del 1995, van reconèixer la divisió del país entre la República Sèrbia i la Federació de Bòsnia i Hercegovina, sovint anomenada federació croata-musulmana. Cada estat tenia els seus propis símbols, i els croats van continuar utilitzant la bandera croata en preferència a la bandera de la federació, però la bandera de la república del 1992 encara era reconeguda internacionalment.
Els acords de 1995 van demanar la creació eventual d’una bandera per substituir el disseny del 1992, però la legislatura nacional va ser ineficaç en aquest sentit. Així, les Nacions Unides van establir una nova bandera (4 de febrer de 1998) que no podia estar vinculada simbòlicament a un sol grup ètnic, religiós o polític.
