A finals del segle XIX, les potències europees pretenien estendre el control cap a l'interior dels territoris costaners que abans havien capturat a l'Àfrica central. Sota la influència del rei Leopold II de Bèlgica, es va establir l'Associació Internationale Africaine, que va proclamar l'Estat independent del Congo (o Estat Lliure del Congo) el 1885. La seva bandera, que datava del 1877, era blava amb una estrella d'or que simbolitzava brillant llum al "continent fosc". Els Estats Units van ser els primers a reconèixer l’estat i la seva bandera. El 30 de juny de 1960, el seu estat successor (el Congo belga) es va convertir en un país independent i es van afegir sis estrelles grogues al llarg de la polsada de la bandera per representar les sis províncies. Quan es va modificar el nombre de províncies el 1963, la primera bandera va ser substituïda per una amb una banda de diagonal vermella de cantell groc i, a la cantonada superior del polipast, una estrella groga més gran (el disseny de la bandera es va modificar lleugerament el 1966).
El 1971, el president Mobutu Sese Seko, va canviar el nom del país per la República de Zaire i va crear una nova bandera nacional: un camp verd que porta un disc groc amb un braç i una torxa. El règim de Mobutu va ser enderrocat el 1997 per una coalició revolucionària sota el lideratge de Laurent Kabila, admirador del primer primer ministre del Congo independent, Patrice Lumumba. Kabila va ordenar que la bandera de Lumumba substituís la del Zaire a partir del 17 de maig de 1997. El disseny recentment restaurat ja no corresponia en el seu simbolisme a les realitats administratives, ja que tenia sis estrelles i el país tenia vuit províncies. No obstant això, va recordar per al congolès la restauració de les seves esperances i principis originals des del moment de la independència del 1960.
El fill de Kabila, Joseph, es va convertir en president després de l'assassinat del seu pare el 2001. Després que el jove Kabila portés una mesura d'estabilitat al país, va proclamar la "Tercera República" del país el 18 de febrer de 2006. La bandera nacional de 1963-66 va tornar a ser es va convertir en oficial, tot i que el camp era de color blau més clar.
