Abans que Kosovo declari la independència el 17 de febrer de 2008, mai no havia tingut la condició política que li permetés una bandera pròpia. Després de la Segona Guerra Mundial, Kosovo es va incorporar a la Iugoslàvia socialista com a regió autònoma (després província autònoma) de la república de Sèrbia. El govern federal va autoritzar banderes només per a les diverses repúbliques constituents iugoslaves. Tanmateix, els ètnics albanesos residents a Kosovo van ser autoritzats a volar la bandera albanesa.
Kosovo va romandre part de Sèrbia després de la dissolució de la Iugoslàvia socialista a principis dels anys 90, però un moviment separatista a la província va guanyar força al llarg de la dècada. El 1998 Sèrbia va emprendre accions punitives contra separatistes a Kosovo, que el 1999 va ser contrarestada per l'Organització del Tractat de l'Atlàntic Nord (OTAN). Kosovo es va sotmetre a l'administració de les Nacions Unides, que va romandre allà després de la proclamació de la independència de Kosovo el 2008 fins a ser substituïda en gran part el 2009 per funcionaris de la Unió Europea (UE). Sèrbia i un gran nombre d’altres països es van mantenir contraris a aquesta declaració d’independència.
Es va celebrar una competició formal per seleccionar una bandera nacional a Kosovo. Moltes de les entrades es van basar directament o indirectament en el disseny de la bandera albanesa. El patró escollit —influenciat per la bandera de la UE— va fer una declaració clara que va emfasitzar Kosovo com a país multiètnic. Els colors blau i groc de la bandera de la UE es van utilitzar per al fons i la silueta del territori nacional, respectivament, i el cercle d’estrelles blanques de la bandera de la UE es va paral·lelitzar a l’arc d’estrelles blanques de la bandera de Kosovo. Es diu que les estrelles representaven els sis grups ètnics predominants del país (albanesos, bosnians, gorani, gitanos, serbis i turcs). No obstant això, els ètnics albanesos i serbis residents a Kosovo van continuar fent ús de les seves respectives banderes nacionals.
