Com a part del territori fiduciari administratiu dels Estats Units de les Illes del Pacífic (TTPI), Palau es trobava sota les banderes de les Nacions Unides, els Estats Units i el territori de confiança. El desig local d'un govern i un estat separat es va realitzar l'1 de gener de 1981 i es va hissar una bandera de Palauan en aquella ocasió. El 1979 s’havia celebrat una competició que va suposar més de mil propostes; l’escollida va ser creada per Blau Skebong i va ser aprovada pel nou govern el 22 d’octubre de 1980. Aquesta bandera encara avui s’utilitza.
El disc d'or representa la lluna, que té un significat especial per a la cultura palauana. La lluna plena es considera tradicionalment el millor moment per a la pesca, la plantació i altres activitats. Es diu que dóna a la gent local “una sensació de calidesa, tranquil·litat, pau, amor i unitat domèstica”. El rerefons de la bandera no és, com es podria esperar, un símbol de l’oceà Pacífic; més aviat, es refereix a "el pas definitiu de l'autoritat d'administració estrangera de la nostra terra". Palau no va aconseguir la plena independència fins a l'octubre de 1994, però en aquell moment no es va fer cap alteració a la bandera. La bandera original del 1981 es conserva al museu del Palau de la capital, Koror. La bandera de Palauan és similar al disseny de la bandera de Bangla Desh, però les dues tenen colors i simbolismes diferents.
