Tercer pati
La porta baldosa de Felicity dóna al tercer pati, o al pati més interior, que allotjava la residència privada del sultà i l'escola del palau interior. Només hi podia entrar el sultà, els membres de la seva família, els seus servents i el visitant puntual aprovat. Els visitants del sultà només podien arribar fins a la cambra del públic i s'esperava que seguissin uns costums estrictes. No podien contactar amb els ulls ni parlar directament amb el sultà, sinó que baixarien el cap, llançarien els ulls cap avall i parlava amb el traductor del sultà.
Abans que Murad III traslladés la seva residència a l’harem al segle XVI, els apartaments del sultà estaven situats al tercer pati de l’edifici sovint anomenat Cambra de les Santes Relíquies. El nom deriva del seu paper com a dipòsit per a les relíquies islàmiques, incloent el mantell, l'espasa i l'arc del profeta Mahoma, tot obtingut quan Selim I va conquerir la dinastia Mamlūk a Egipte el 1517, passant el califat als otomans.
Els dormitoris de les pàgines reials, que formaven part d’una jerarquia de servents al sultà, també es troben al tercer pati. La majoria de les pàgines es reclutaven com a nois de les poblacions cristianes conquerides mitjançant el sistema devşirme, en què els nois eren eliminats de les seves famílies com a forma d’impost o tribut. Després de rebre nous noms i ser convertits a l'Islam, als nois més brillants se'ls va assignar rols específics i van rebre una educació rigorosa mentre guanyaven salaris. Van seguir una meritocràcia i van poder assolir càrrecs tan alts com a gran visir, però molts homes van ser alliberats als 25 anys i es van casar amb una noia de l’harem o amb una filla del sultà. Els dormitoris de les pàgines reials ara alberguen parts de les col·leccions imperials. Els retrats dels sultans, per exemple, es troben al Dormitori de la Cambra Privada i el vestuari imperial es troba al Dormitori dels Campistes. Molts dels objectes de les dues col·leccions mostren la destresa dels artesans del palau, així com canvis en les tècniques i la moda. Els espectadors poden veure el canvi de vestit marcat al segle XIX, per exemple, a través del vestuari i la col·lecció de retrats, quan les escombraries militars europees van substituir el caftà del sultà i el fez va substituir el turbant.
Una de les col·leccions més famoses del palau és la de les joies imperials, ubicades al Pavelló del Conqueridor, també al tercer pati. Les explotacions inclouen l'anomenat Spoonmaker's Diamond, un dels diamants més grans del món i l'emeralda Topkapı Dagger, objecte d'intriga a la pel·lícula de capçalera de 1964, Topkapi. Com la resta de les parts de la col·lecció del museu, la col·lecció de joies ho demostra. a la gran riquesa de l’Imperi Otomà.
El centre del tercer pati està ocupat per la Biblioteca del Sultan Ahmed III, que es decora de manera senzilla com molts dels edificis del palau amb rajoles pintades, vitralls i persianes amb incrustacions de perla i ivori. La col·lecció de llibres es va consolidar amb altres llibres del palau al segle XX i es va traslladar a la mesquita dels Aghas, que és la mesquita més gran del palau i situada de forma adjacent. La col·lecció del palau Topkapı inclou manuscrits rars, volums il·lustrats i còpies primerenques de l'Alcorà, que poden investigar els investigadors a la sala de lectura.
Quart pati
El tercer pati s’estén fins al quart pati, que consta principalment de jardins adossats i pavellons. És la llar de la luxosa decoració de la Cambra de Circumcisió, el Pavelló de Bagdad i el Pavelló de Erevan. Una de les estructures més diferenciades del quart pati és la pintoresca Iftar Pèrgola de bronze daurat, on els sultans es trencarien ràpidament si el Ramadà caigués a l’estiu. Molts dels sultans otomans tenien interès per les flors i la jardineria, i els quarts jardins del pati estan plens de tulipes, tal com ho haurien estat durant el regnat otomà.
Harem
L’harem era el barri viu de la família del sultà i estava dividit estrictament per sexe. Al segle XVI també es va convertir en la residència del sultà, quan Murad III tenia allà construïts apartaments. Igual que la resta del palau, l’aram ha estat renovat i creixent segons les necessitats. El resultat és un disseny bastant mazelike i amb molts estils d’arquitectura.
Per entrar o sortir de l’harem, els habitants havien de passar pel pati pavimentat dels eunucs negres fins a la porta principal, també anomenada Porta Reial. Els eunucs negres custodiaven l’harem i eren probablement comprats als mercats esclaus de les terres conquerides i castrats abans de la pubertat. Igual que les pàgines reials, els eunucs rebien salari i seguiren una meritocràcia, però a diferència de les pàgines, només alguns eunuts foren alliberats. La seva cambra habitable, així com la cambra del Tresor i l'Escola dels Prínceps envoltaven aquest pati.
Passada la porta principal hi ha el pati empedrat de la reina mare, el pati més gran i central del harem. La reina mare era el centre del poder a l’harem. Anomenada sultana de valent, era la consort principal que el seu fill havia ascendit al tron. També va tenir una gran influència sobre el sultà, que cada matí s'aturava als seus apartaments cèntrics per informar-lo dels assumptes de l'estat.
Els apartaments del sultà estaven connectats a la reina mare mitjançant un hammam doble de marbre blanc, un bany turc. Un costat del hammam estava reservat per al sultà i l’altre per a les dones de l’harem. La resta de la residència del sultà inclou una sala del tron i tres cambres privades. La Sala Privada de Murad III és l’edifici més antic i millor supervivent de l’harem i va ser dissenyat per un dels arquitectes més famosos de l’imperi otomà, Sinan. L’espai amb cúpula està elaborat amb decoració amb rajoles d’Iznik i cal·ligrafia recitant versos de l’Alcorà. Ahmed III, va afegir una altra sala privada, anomenada Fruit Room, i està decorada sense característiques amb fruites i flors delicadament lacades.
Els fills, les filles, els germans i les germanes del sultà també vivien a l’harem i ocupaven un dels centenars d’habitacions de l’harem. Els Pavellons Bessons, per exemple, van ser probablement els quarters vius dels fills del sultà a partir del segle XVIII.
L'harem també comptava amb habitacions habitables per a serventes, concubines i consorts principals del sultà, i les habitacions eren accessibles a través de la Galeria de les Concubines de la porta principal. Moltes d’aquestes dones venien com a regals o compres al mercat d’esclaus quan eren noies joves i, com la resta de criades del palau, seguien una meritocràcia. Feien tasques servils mentre cobraven sous i formació per convertir-se en esposa en una de les pàgines o en una concubina del sultà. Si s’escull per convertir-se en concubina, una jove podria pujar a les files i rebre millors allotjaments, substancialment, si és que va néixer el fill del sultà. Si el fill fos un mascle que pujava al tron, la concubina assumiria la posició més poderosa de l’harem com a reina mare. La majoria de les noies de l’harem, però, van ser alliberades als 16 o 17 anys i es van casar després de la seva formació.
