El riu Kootenay, també deletrejat Kootenai, rierol a l'oest de l'Amèrica del Nord i s'aixecava a les muntanyes Rocalloses a l'oest de Banff, Alta., Can. Flueix cap al sud pel parc nacional de Kootenay, a la Colúmbia Britànica, Can., I va sortir dels Rocallosos per fluir generalment al sud a la rasa de la Muntanya Rocallosa. Es dirigeix cap al sud cap a Montana, EUA, en un ampli llaç en forma d’U i després cap al nord cap a Idaho i torna a Canadà abans d’eixamplar-se al llarg i estret llac Kootenay de la Colúmbia Britànica; del braç oest del llac desemboca al riu Columbia a Castlegar.
Als Estats Units hi ha unes 210 km de longitud de 780 quilòmetres de longitud del riu. El Kootenay baixa de 111 m de longitud a 40 km entre el llac Kootenay i el riu Columbia. En aquest tram diverses preses subministren energia a la fundició i refineria de metalls de base a Trail, BC. El riu és navegable des de Bonners Ferry, Idaho, fins a Nelson, aC
El Kootenay, explorat el 1807 pel comerciant britànic de pells David Thompson i que una vegada anomenat Flat Bow, deriva el seu nom d'una paraula índia que significa "gent d'aigua".
